このエラーメッセージで検索すると以下のページが見つかります。
perl5-5.18.4_17 conflicts with perl5.18-5.18.4_17はっきりした解決策は提示されていないのですが、なにかをすれば解消できそうな印象です。そこでもういちど
https://forums.freebsd.org/threads/perl5-5-18-4_17-conflicts-with-perl5-18-5-18-4_17.53293/
/usr/ports/UPDATINGに書かれている設定を確認します。
# cat /etc/make.conf次にパッケージデータベースをチェックします
DEFAULT_VERSIONS+=perl5=5.18
# pkg set -n perl5.18:perl5
Change name from perl5.16 to perl5 for perl5.18-5.18.x_yy? [y/N]: y
#
# pkg check -Bdsr -aそしてportupgrade -a --batchを実行すると今度はうまくいくようになりました。
...
#
パッケージの依存関係が壊れていたのかもしれませんが、はっきりしません。
これでもうまくいかない場合、「pkg set -n perl5.18:perl5」をもう一度実行するとよいかもしれません。これにより、perl5.18に依存しているパッケージについても、perl5パッケージの名前変更が適用されるようです。
もしかすると、/usr/ports/UPDATINGにある記述
DEFAULT_VERSIONS+= perl5=5.xxにあわせて、
DEFAULT_VERSIONS+= perl5=5.18としてしまっていたのがいけなかったかもしれません。設定を見なおした後は、
DEFAULT_VERSIONS+=perl5=5.18としています。ただ、対象のFreeBSDは実運用中なので、「試してみる」ことが難しいので、これくらいでお許しください。