App Storeを起動、Apple IDとパスワードを入力すると「Connection Failed」となりました。
回復させようと以下の手順を試しましたが、改善されません。
OS X:「接続できません」または「Mac App Store に接続できません。インターネットへの接続が必要です」というメッセージhttps://support.apple.com/ja-jp/HT203811いろいろと試してみると、OSの再インストール(起動時にCommand-Rを押し、表示された画面から実行できます)をすると、App Storeにアクセスすることができるよういなります。しかし、その後、App StoreからSecurity Update 2015-004を適用とすると、同じ現状になるようです。
もう少し、検索エンジンで探してみると、
【回避策あり】OS Xのセキュリティアップデートに不具合 一部のMacでhttpsでのアクセスに影響で証明書がおかしいのではないかという推測がされています。
http://reynotch.blog.fc2.com/blog-entry-1109.html
OSの再インストールは時間がかかるので、上記のアップデートを適用せずに様子を見ることにします。
10.9.5がインストールされた別の3台のMac Miniでは発生していないので、特定の機種で発生するのかもしれません。