2009-08-15試してみるとうまくいったので内容を引用します。
[mac] コマンドラインからpdfを結合する
http://samurai20000.hatenablog.com/entry/20090815/1250340293
Automatorのpdfの結合は下記のコマンドを叩いていることを知った。
/System/Library/Automator/Combine PDF Pages.action/Contents/Resources/join.py直接叩くことができるので下記のように実行します。
$ join.py --output output.pdf input1.pdf input2.pdfコマンド操作に慣れた人ならこちらの方がおすすめ。